Usando a primeira temporada como base, a segunda temporada de 'Hanna' mergulha ainda mais nos segredos sombrios de Utrax. Junto com isso, também revela o que a organização sinistra faz para manipular todos os seus prisioneiros adolescentes e transformá-los em armas letais. A 2ª temporada está repleta de várias revelações e um pequeno prenúncio para o próximo capítulo potencial. Portanto, nem é preciso dizer - vamos analisar todos os pontos da trama e o final da série abaixo. (Spoilers à frente)
Depois de escapar das instalações da Utrax, Clara acompanha Hana. Enquanto eles sobrevivem nas florestas, os funcionários da Utrax tentam localizá-los. Nesse ínterim, conforme revelado na 1ª temporada, as meninas restantes são movidas para uma nova instalação chamada The Meadows. Clara depois cai em uma das armadilhas de Utrax e acaba com o resto das meninas novamente. Enquanto isso, Marissa coloca Hanna sob sua proteção e, em uma tentativa de compensar seus erros anteriores, ela a impede de resgatar Clara. Mesmo assim, Hanna ainda consegue convencer Marissa a ajudá-la a salvar Clara. Como resultado, eles chegam a The Meadows para executar esta missão de resgate.
Nada sai como planejado, no entanto. Utrax captura Marissa enquanto Hanna se torna parte da falsa configuração social da Utrax no The Meadows. Embora inicialmente ela resista, ela eventualmente aceita The Meadows como seu novo lar junto com Clara e os outros. Logo, Hanna e Jules se unem e são enviados para sua primeira missão de assassinato na vida real. Hanna agora tem que fazer uma escolha - ela se afastará mais do caminho de Erik ou conspirará secretamente contra Utrax?
Em The Meadows, todas as meninas sob a operação de Utrax são repentinamente libertadas. Em contraste com a instalação médica anterior, o novo local oferece dormitórios coloridos, famílias fictícias, acesso à mídia social e a oportunidade de socializar com outras pessoas. No entanto, sem o conhecimento das meninas, tudo isso é apenas uma configuração social simulada para ajudá-las a aprender mais sobre como sustentar no mundo real. Como prenunciado na própria temporada anterior, a Utrax sempre teve a intenção de mandar essas meninas para o mundo real. Assim, propositalmente, permite que ajam como adolescentes normais, pois isso, por sua vez, os ajudará a se disfarçarem de pessoas comuns no mundo real.
Para a maioria das meninas, Utrax ganha controle sobre elas, substituindo suas ideias anteriores sobre família, religião e amigos. Mas para Hanna e Clara, a organização luta para estabelecer qualquer controle, uma vez que já estão cientes de que perderam suas famílias. Então, para eles, a organização tenta preencher a lacuna que anseia por uma família em vez de substituí-la. E assim, mesmo depois de saber que seu pai está morto, Hanna encontra algum conforto em The Meadows.
Hanna e Jules são designados para sua primeira missão na vida real, onde esperam que Hanna use sua experiência no mundo exterior. Quanto a Jules, Leo secretamente diz a ela para ficar de olho em Hanna. De acordo com sua declaração de missão, eles têm que determinar a verdadeira identidade de um denunciante chamado Tácito e descobrir o local onde ele planeja se encontrar com um jornalista baseado em Londres, Nicola Gough. O comunicado também menciona que eles só podem ter acesso a Nicola por meio de sua esposa Bethany James, que é professora da London South Bank University.
Depois de passar por Bethany, Hanna finalmente entra em contato com Nicola. Ela tira fotos de trechos do caderno de Nicola e os envia para The Meadows. Depois de decodificá-los, Terri deduz que Tácito é um advogado militar baseado em Barcelona chamado Robert Gelder. Embora a série demore para revelar por que John Carmichael deseja eliminar Robert Gelder (conhecido como Tácito), torna-se evidente que Robert guarda o segredo dos motivos de John por trás de Utrax. Robert pretende revelar esses segredos a Nicola para que ela possa expor a verdade para todo o mundo.
Em Barcelona, Hanna também conhece Stephen, um homem que trabalha para Marissa. Stephen explica que o que agora é conhecido como Utrax, anteriormente consistia em um pequeno grupo dissidente de radicais nacionais dentro de uma agência chamada The Pioneer Group. Ele diz a ela que agora continua a ser um dos poucos membros do grupo que não seguiu o caminho errado. E assim, como Hanna, ele quer interromper a primeira operação de Utrax. Hanna se junta a Stephen e os dois decidem impedir o assassinato de Robert e Nicola. Sem o conhecimento deles, Jules fica de olho em Hanna e descobre seu plano.
Por causa de Jules, o plano de Stephen de salvar Nicola da interceptação falha. Para abortar o outro lado da missão, Hanna segue para Barcelona, onde Clara e Sandy tentam interceptar Robert Gelder. Hanna estende a mão para Clara e tenta convencê-la de que Utrax está tramando algo ruim. Mas Clara simplesmente a dispensa, dizendo que eles não deveriam questionar a organização e se concentrar em servir a sua nação. Somente quando Hanna a convence de que sua mãe ainda está viva, a visão de Clara em relação à missão muda.
Por meio da filha de Robert, Kat, Sandy deduz o paradeiro do quarto de hotel onde Robert está hospedado. Com isso, Clara e Sandy começam a executar sua missão final de matar o advogado antes que ele exponha Utrax. Clara hesita, mas Sandy encobre seus erros matando Robert implacavelmente. Mesmo assim, antes de morrer, Robert entra em contato com uma jornalista chamada Alba, que recebe um documento de um dos funcionários do hotel. Este documento contém os segredos da Utrax.
Em seguida, com toda a ação que se segue, Alba morre, mas Hanna põe as mãos no documento. Este documento finalmente revela que a lista de alvos de assassinato de Utrax consiste em advogados, ativistas e outros especialistas potencialmente influentes em diferentes áreas que podem mais tarde fazer a diferença no mundo. A maioria das pessoas mencionadas nesta lista de alvos tem menos de 18 anos e todas têm menos de 30. E essa é a razão pela qual a existência de Utrax era um segredo todo esse tempo. Eles queriam eliminar de forma antiética uma geração mais jovem de líderes, pois isso lhes permitiria obter o controle do mundo. E, é claro, para uma missão como essa, adolescentes com lavagem cerebral durante toda a vida são as candidatas perfeitas.
Durante todo esse tempo, foi culpa de John que Robert soubesse sobre a missão. Conforme revelado em um flashback, John certa vez ficou bêbado e contou ao advogado tudo sobre os motivos secretos de Utrax. Mas, em vez de expor John, Marissa assume o controle e o chantageia para levá-los aos poderes superiores do The Pioneer Group, que lhe deu ordens para administrar a Utrax. O final prepara o palco para mais uma temporada onde Marrissa e Hanna vão agora eliminar aqueles que comandam o malvado Grupo Pioneiro. Clara provavelmente não se juntará a eles quando ela for ao Egito para finalmente conhecer sua mãe.