Atingindo sua marca média, ‘ Duna: Profecia ' faz uma pausa após os acontecimentos tensos do episódio 2 e recorre a flashbacks para dar ao público uma melhor compreensão da situação. A chegada de Desmond Hart representa um grande problema para a Irmandade, mas Valya Harkonnen ainda não está pronta para desistir. Uma visão de seu passado nos mostra exatamente o quão capaz ela é de lidar com seus inimigos e até que ponto ela pode ir para ter o que deseja, mesmo que isso signifique deixar algo para trás. SPOILERS À FRENTE
A desavença entre os Harkonnens e os Atreides serve como tema recorrente no universo ‘Duna’. É uma das coisas instigantes por trás dos eventos que acontecem em os filmes ‘Duna’ e a série prequela da HBO serve para esclarecer melhor o assunto. O primeiro episódio menciona a guerra com as máquinas pensantes e como Atreides recebeu o crédito por vencê-la, enquanto os Harkonnens foram considerados covardes por deixarem o campo de batalha. Devido a isso, eles são deixados à própria sorte e quase não há nada com que possam sobreviver. A jovem Valya está insatisfeita com este tratamento. Ela acredita que sua família foi privada da honra que deveria ter recebido por causa de uma mentira espalhada pelo clã Atreides.
Em vez de se submeter ao destino, ela quer mudar as coisas, e é aí que entra seu irmão, Griffin. Ele é o líder da família agora e, embora o resto possa não concordar com os planos e ambições de Valya, Griffin confia nela. Devido a isso, ele concorda em encontrar e conversar com Vorian Atreides, esperando que o clã rival concorde em retomar suas vidas e ajudar a ressuscitar a reputação Harkonnen. Não está claro o que acontece neste encontro, mas Griffin acaba morto, e Vorian é considerado o culpado. A morte de seu irmão faz Valya querer vingança, mas sua família decide mandá-la para a Irmandade, que era o plano original para ela. Tula, porém, fica para trás e Valya a vê como a única maneira de se vingar.
Tula assume uma identidade diferente e encontra e faz amizade com Vorian Atreides, também conhecido como Orry. Ele não tem ideia de que ela é uma Harkonnen e se apaixona por ela. Eventualmente, ele a leva para conhecer sua família, onde Tula passa alguns dias com eles. No final, Orry pede Tula em casamento, mas ele não percebe que ela envenenou toda a aldeia. Na manhã seguinte, Orry acorda com o horror de ver toda a sua família morta. Mas antes que ele possa fazer algo a respeito, Tula o envenena também. É uma pena porque mesmo quando Tula lhe diz que é uma Harkonnen, Orry não a rejeita abertamente e acredita que a união deles pode marcar um novo capítulo no turbulento relacionamento entre suas famílias. Mas então, Tula mostra sua verdadeira face e morre. O único Atreides que restou vivo naquele dia é um menino e, pelo que vimos até agora, ele parece ser Kieran Atreides.
Em Wallach IX, Valya luta para se misturar com suas novas irmãs, mas ainda estabelece uma conexão com as jovens Kasha e Francesca. Durante o compromisso, ela é convidada a deixar para trás todos os pensamentos sobre sua família e origens e se dedicar totalmente à Irmandade; ela é incapaz de assumir esse compromisso. Porém, a Madre Superiora Raquella decide lhe dar uma chance, principalmente depois de descobrir que Valya tem algo chamado Voz. Valya logo ganha a confiança de Raquella e é até informada sobre os registros genéticos e como a Irmandade os utiliza para fazer combinações e controlar o destino do Império. Valya interpreta isso como um sinal da intenção de Raquella de torná-la a próxima Madre Superiora.
Enquanto isso, Raquella percebe a divisão criada na Irmandade devido aos seguidores de Valya e Dorotea. Ela decide que elas deveriam ser co-Madre Superiora, um ato que visa curar a divisão entre as duas facções. Mas como já sabemos, só terminou em tragédia. De qualquer forma, os dois têm que passar pela Agonia para conquistar seu lugar e, embora Dorotea não tenha problemas para fazer isso, Valya desiste da cerimônia. Raquella percebe que isso ocorre porque Valya ainda está ligada à sua família, ao lar e à história que vem com isso. Quando Valya recebe uma mensagem de Tula, ela deve descobrir o que ela realmente deseja. Ela deve retornar para Wallach IX depois de passar pela Agonia, ou não retornará.
De volta a casa, Valya fica feliz ao saber do massacre do clã Atreides, que não é apoiado por seus familiares, principalmente por seu tio. Ela é culpada por causar mais problemas do que valia, o que irrita Valya a ponto de ela usar a Voz em sua mãe e quase a fazer se matar. Com a morte de seu irmão vingada, Valya não tem mais nada em seu planeta natal. Ela decide tomar o veneno e passar pela Agonia, à qual só sobrevive quando a irmã vem procurá-la. Valya também fica feliz ao descobrir que Tula decidiu ingressar na Irmandade, e é uma ótima notícia porque Valya tem um novo propósito agora e precisa da irmã ao seu lado para realizá-lo.
Atualmente, Valya ainda se recupera do choque de não poder usar a Voz em Desmond Hart e da expulsão da Irmandade do palácio Corrino. Enquanto as Irmãs se reagrupam, Valya ainda está tentando descobrir a melhor forma de lidar com a situação. Se a família governante não quiser ter nada a ver com a Irmandade, não demorará muito para que outras famílias façam o mesmo, e Valya não pode permitir que isso aconteça. Além disso, ela descobre que Irmã Lila não sobreviveu à agonia, mas deixou uma mensagem, que prova que Desmond Hart é o inimigo que eles temiam há tanto tempo. Sem outro caminho à vista, Valya decide voltar para casa e encontrar seu tio, que ela não vê desde que saiu de casa há muitos anos.
Enquanto isso, Tula luta com a perda de Lila. Mesmo quando a menina é declarada morta, Tula a mantém nas máquinas, esperando que seja encontrada uma maneira de trazê-la de volta à vida. Tecnicamente, Lila está em estado de coma com morte cerebral. As outras Irmãs têm a chance de se despedir e a Irmã Jen leva a perda de sua amiga de maneira particularmente difícil, tanto que culpa abertamente Tula por deixar Lila passar pela Agonia quando a acólita não estava preparada para isso. De qualquer forma, as palavras de despedida são ditas e as lágrimas são derramadas, e todos acreditam que o funeral de Lila acabou e ela se foi para sempre.
Mas então Tula teve uma ideia. Ela sabe que o tempero tem uma qualidade rejuvenescedora e se pergunta se isso pode tirar Lila de seu estado de morte cerebral. Ela secretamente leva o corpo da menina para o lugar subterrâneo secreto que apenas a Madre Superiora e seu círculo íntimo conhecem. Acontece que eles mantiveram uma máquina pensante no porão, embora isso seja expressamente proibido no Império. Enquanto a máquina também declara Lila com morte cerebral, Tula a força a usar tratamento com especiarias na garota. Resta saber se essa manobra funciona e como Valya reagirá a ela, mas mostra o quanto Tula ama a garota.